خلاصة المناقب، در مناقب میرسید علی همدانی، مهمترین اثر بدخشی است و یک سال پس از درگذشت شیخ خود، آن را در ختلان تألیف کرده است.
این کتاب قدیمترین و پر اهمیتترین منبع اطلاعات درباره میرسیدعلی به شمار میرود؛ چه، مؤلف خود مدت درازی ملازم او بوده، و حکایتها و اقوالی را که آورده، خود از زبان سید شنیده است.
برخی از مهمترین مفاهیم عرفانی واصطلاحات صوفیان با استفاده از آیات و احادیث در این کتاب شرح و توضیح داده شده است